Уперше Бакота згадується в літописі 1024 року, хоча розкопки свідчать, що на цій території були і значно старіші поселення язичників. Вже у першій половині XIII століття Бакота стає великим містом і найважливішим центром Пониззя, яке входило до Галицько-Волинського князівства.

Місто було досить розвиненим і стратегічно дуже важливим, адже знаходилось на кордоні, спочатку Київської Русі, а згодом Галицького і Галицько-Волинського князівств і через нього проходили всі торгівельні шляхи зі Сходу до Європи. Це був великий торговий порт на Дністрі.

Перша писемна згадка про місто Бакота відноситься до 1240 р. Згідно з літописами, люди завжди тут жили багато і дружньо, виділялися свободолюбивим нравом і водночас м'якістю, добротою.Стрімкий розквіт закінчується таким же спадом після того, як у 1255 році містом на ціле століття заволоділи монголо-татари.

Пізніше територія переходить під владу Литви, зокрема братам Коріатовичам, які відбудовують зруйнований татарами Бакотський замок (вони ж доклались до розвитку замку Паланку, Кам’янця-Подільського та інших твердинь).

У 1431 році територія навколо Бакоти визнається нейтральною прикордонною зоною між Польщею та Литвою, що призводить до повстання жителів, які вигнали місцевих феодалів і проголосили незалежність. Але за кілька років польські війська жорстоко придушили повстання, зруйнували замок, а місто назавжди втратило своє значення як важливий адміністративний центр.

З 1918 село Бакота стає прикордонним – зовсім поруч проходить межа з Румунією. Кількість населення значно зменшилась під час голодомору 1947 року, але найтривожніша новина прозвучала в 1973 році – інформація про майбутнє затоплення села для побудови Новодністровської ГЕС.

Нині Бакотою називають територію та околиці Бакотської затоки на Дністрі.

Що ж до походження назви, то є дві основні версії. Перша пов’язує її з румунським словом «бокота», що перекладається як «шматок, кусень». Друга, значно красивіша, версія говорить про те, що в перекладі з давньоруської мови назва означає: